Syftet med den nationella planen är att omprövningarna av vattenkraftens miljövillkor ska leda till både största möjliga nytta för vattenmiljön, och en nationell effektiv tillgång till vattenkraftsel. Om vattenkraftsverksamheter som påbörjades långt innan utpekandet av Natura 2000-områdena förklaras vara otillåtna, kommer det riskera en omfattande negativ påverkan på energisystemet.